Nye analyseteknikker (DNA) för kontroll av mikroorganismer

En presentation över ämnet: "Nye analyseteknikker (DNA) för kontroll av mikroorganismer"— Presentationens avskrift:

1 Nye analyseteknikker (DNA) för kontroll av mikroorganismer
Charlotta Engdahl Axelsson Forsknings- och utvecklingschef mikrobiologi  Lantmännen Analycen AB

2

3 Varumärken

4 Analycens lab Laboratorier Finland: Tampere Norge: Moss
Danmark: Frederica Polen: Warszawa Sverige: Lidköping, Kristianstad, Örebro, Skara, Uppsala

5 DNA analys -ny teknik In vitro DNA amplifiering (PCR)

6 Brett användningsområde (Analycen idag)
Patogena mikroorganismer (näringsmedel, vatten, växter) Allergena födoämnen Djurslagsbestämning GMO

7 Patogena mikroorganismer
Salmonella Shigella Campylobacter EHEC Växtpatogena svampar m.fl.

8 DNA Arvsmassa DNA/RNA DNA baser (nukleotider) DNA bibliotek

9 Två syften A) Detektion av mikroorganismer, arter, gener
B) Individidentifiering, smittspårning

10 PCR Uppförökning av DNA
Avgränsas av s.k. primers (måste vara specifika) Probe som kontroll av specificitet och för detektion

11 PCR -fördelar Relevanta egenskaper mäts
Svårodlade mikroorganismer detekteras Snabbheten Specificiteten Objektiv

12 PCR – att tänka på Inte alltid kompatibel med traditionell analys
Döda/levande bakterier Hög detektionsnivå > 1000 bakterier/ml Provupparbetning

13 Lagstiftning/standardisering
DNA ok för livsmedelskontroll (gäller validerade metoder enl ISO 16140) Standarder för EHEC och virus på gång (Norovirus och Heptit A) Samarbete livsmedel-vatten standardisering EHEC, Salmonella aktuellt för vatten EU ref lab för parasiter (Cryptosporidium, Giardia)

14 Smitta på förskola i Sundbyberg
Publicerad 15 aug :53 Smitta på förskola i Sundbyberg Sundbyberg. Ett barn har smittats och ytterligare 12 barn och en ur personalen har visat tecken på att ha smittats av en infektion på en förskola i Sundbyberg. - Vi har konstaterat att ett barn har fått en cryptosporidiuminfektion, som är en parasit, säger Ingegerd Hökeberg, biträdande smittskyddsläkare vid smittskyddsenheten i Stockholms läns landsting                                                                                                          En utskrift från Dagens Nyheters nätupplaga, DN.se.

15 Erfarenheter av Legionella analyser

16 Protocol Filtration of 1L water
Lysis of Bacteria, extraction and DNA purification Real-time PCR detection and/ or quantification Screening : specific sequences detection / controls Quantification : specific sequences detection / Standards 5 h to result Legionella spp L. pneumophila

17 Erfarenheter PCR och Legionella
PCR bra för detektion Korrelation med PCR –odling dålig Gränser baseras på odling

18

19 Framtid Fortsatt utveckling av DNA tekniken
Odling och isolering fortsatt viktigt DNA standarder för vattenburna patogener

20 TACK!