Biokemi MNXA10/12 Hans-Erik Åkerlund Proteiner

Aminosyror Enklaste Aminogrupp -NH3+ Karboxylsyragrupp -COO- Väte Variabel sidogrupp 20 olika

Vilka aminosyror och vilken ordning Primärstruktur Vilka aminosyror och vilken ordning Peptidbindning Aminosyror Dipeptid Kovalent bindning Specialfall av Amidbindning Riktning Amminoterminal / N-terminal Karboxyterminal / C-terminal Stommen N - C - C

a-helix (Sekundärstruktur)er Vätebindningar Vätebindning Vätebindning

b-veckstruktur (Sekundärstruktur) Utsträckt struktur Vätebindnigar mellan kedjor Antiparalella eller paralella R-grupper upp och ner

Tertiärstruktur Trediminsionell veckning Opolära grupper inne Polära grupper på ytan FA binding protein Lysozym Ferritin

Den hydrofoba effekten Störande molekyler opolära Vattenstruktur

Cysteinbryggor = SS Bryggor = Disulfidbryggor Stabiliserar tertiärstrukturen

Kvartärstruktur Antal och arrangeman av subenheter Ex. Hemoglobin från människa fyra subenheter

Enzymer, Katalys och Kinetik Hastighet Påskyndar reaktioner utan att själv förbrukas. Kan ingå i delreaktioner men återbildas alltid Påverkar inte jämvikten, K lika som utan enzym. Påskyndar att jämvikten ställer in sig Specificitet Reglerbarhet Enzymkatalys och enzymkinetik Presentation av mig själv om det behövs Mål: Övergripande och det mest väsentlig (Kap 8 och 9) specificitet (stereoisomerer, specifika pedptidbindningar) reglerbarhet (alloster reglering genom feedback, hormon, ‘brist aktivering’. hastighet (hatighetsökning) titta på olika hastigheter

Varför påskyndas reaktioner? Aktiveringsenergi Enzymer -gör att det krävs mindre aktiveringsenergi. -påverkar inte energiskillnaden mellan substrat och produkt

Enzymkatalyserad reaktion Upvisar mättnad Karaktäristiskt för enzymkatalyserad reaktion.

Michaelis-Menten Avsätt v0 som funktion av [S] v = Vmax*[S]/(KM+[S])

Ex. Karboanhydras Zn2+ prostetisk grupp Metalljonkatalys Aktivering av vatten pKa=7 (jfrt med 15.7 för fritt vatten) ca 7 miljoner ggr snabbare än utan katalys

Nukleinsyror: DNA och RNA

Nukleotider som byggstenar Fosfat – Socker -Kvävebas

Sockret R i RNA D i DNA Syre saknas Deoxy

Kvävebaser: Adenin Guanin Cytosin Uracil (i RNA)/Thymin (i DNA)

1) polynukleotid, kvävebaser A,G,C,T 2) har polaritet: 5´ o 3´ ändar DNA struktur. 1) polynukleotid, kvävebaser A,G,C,T 2) har polaritet: 5´ o 3´ ändar 3) basparning mellan två antiparella strängar 4) H-bindingar, 2 st mellan A o T, 3 st mellan G o C 3´ 5´ A G C T C T C G A G 5´ 3´ 5´ 3´ 3´ 5´

Stor fåra (major groove) Liten fåra (minor groove) DNA dubbelhelix 5´ 3´ 10 nukleotider eller Baspar (bp) Stor fåra (major groove) Liten fåra (minor groove) Mörk färg: fosfodiester o socker (huvudkedja) Ljus färg: basparade kvävebaser 3´ 5´

Cellulära processer DNA RNA PROTEIN Replikation Transkription Translation DNA RNA PROTEIN Process Huvudsaklig funktionell enhet/ enzym Replikation DNA polymeras. (DNA templat, mall) Transkription RNA polymeras. (DNA templat eller ) Translation Ribosom, består av rRNA, protein. (mRNA templat)