K-RAS Mutationsanalys Molekylärpatologi Gastrointestinala sjukdomar

Slides:



Advertisements
Liknande presentationer
PROCENT Procent betyder hundradel.
Advertisements

Delaktighet i ett patientperspektiv. Bakgrund •Resultat patientenkät 2011 –25% kände sig inte delaktiga –25-40% var inte nöjda med information om sjukdom.
Välkommen! Stormöte 28 april 2013 Ortsutveckling FLENS STAD.
Välkommen till Forskarhjälpen 2014!
Förbättrat omhändertagande av pneumonipatienter i slutenvård Problematik: Ökande antibiotikaresistens ställer krav på att vi ger rätt antibiotikaterapi.
Nye analyseteknikker (DNA) för kontroll av mikroorganismer
Hepadnaviridae DNA-virus HBsAg - ytstruktur dagar Vanligen dagar Inkubationstid.
Matematica/Grundtanke Eliminering av onödiga beräkningsfel i
Upptäckt och förebyggande verksamhet Göteborg 27 feb 2009 Sven Andréasson, docent Statens folkhälsoinstitut och Karolinska institutet.
TBC Kungliga Norrländska Lungsotssanatoriet. Varje år dog svenskar i lungsot under slutet av 1800-talet.
Införande i Landstinget Gävleborg
Harrieth Larson Funktionsplanerare.
På avdelning och laboratorium
ALBUMIN I URIN.
Biomedicinarprogrammet
Förbättringsarbete AVA-H. A-TUR vardagar Läsrapport Avstämning med nattpersonal Sitting utgår Dagdriften lägger ut placeringslistor på varje.
Labmedicin i Nya Akutens ADAPT modell!
Vad är vårdhygien? Vad är VRI? Medel för att förebygga VRI
Hur Solo-group konceptet kan effektivisera teamtandvården
Resultat Nattfaste-mätningar dec 2013
Karolinska Institutet, studentundersökning Studentundersökning på Karolinska Institutet HT 2013.
ESBL i systeminfektioner
BIOMEDICINPROGRAMMET. Biomedicininformatör BIOMEDICIN – vad är det?  Människans biologi från molekyl till individ  Kroppens funktion vid hälsa.
Bastugatan 2. Box S Stockholm. Blad 1 Läsarundersökning Maskinentreprenören 2007.
Repetition Östersjön.
Polymerase Chain Reaction
Problemlösning, andragradare och kubikrötter Sid 75-85
Konsumenter om Svanen och EU Ecolabel Om undersökningen Utförd av: Response Analys, Oslo i dec 2010 Cirka personer från respektive land Totalt.
Master program inriktning klinisk laboratoriemedicin
TÄNK PÅ ETT HELTAL MELLAN 1-50
Ackrediterade analyser vid satellit-laboratoriet på AKOM Gerd Nilsson, Anne-Charlotte Wicktorsson Laboratoriet för klinisk kemi, enhet 3.
Den histotekniska processen
Utvärdering av mikrobiologisk barriärverkan vid Harge vattenverk, Askersunds kommun Madeleine Forss.
Medicinsk diagnostik Klinisk fys, lab.medicin och medicinsk radiologi.
Biomedicine and Methods in Medical Diagnostics Biomedicin och metoder inom medicinsk diagnostik Master program 120 hp inriktning Klinisk laboratoriemedicin.
Kursutvärdering Hösten Undervisningen i Klinisk Konsultation och Undersökning (kku) 1 = Mycket dålig 10 = Mycket bra Mean 8,2 Median 8,0 Svarsfrekvens.
Hastighetsnivåer i en attraktiv stad!
Utbildning, forskning och innovation sedan 1666
VÄLKOMNA! WorkShop 28 januari 2014 Samverkan i regionen och möjligheter med digitalisering inom patologi/cytologi.
Lite bättre hela tiden Välkomna!. Program Inledning -Barbro Naroskyin, landstingsdirektör, Martin Magnusson, utvecklingschef Varför är Jönköping så bra?
Sammanställning av temperaturmätning Dagny, Kerstin, Lise-Lotte.
Ekonomiska aspekter på laboratoriemedicin
Studiebesök BG Hospital Frankfurt am Main. BG hospital Frankfurt jmf Akademiska sjukhuset BG hospital Frankfurt 348 bäddar 5000 op/år vtf 100 op.
BIP eller Silikon-kateter i elektiv vård randomiserad, enkel-blind studie Karin Stenzelius.
En säker e-tjänst till vården
Talböcker och teknik Kristina Elding och Karin Ohrt Bibliotek, bildning och media.
Generationsdubbel Inomhus januari 2010 Grupp A X X X 1 32 Jungqvist/Mannerfelt Westerberg Fabricius Jungqvist/Mannerfelt Westerberg Fabricius.
Emmy Österberg Malin Strömqvist Alexandra Eklund Jenny Joensuu Sabine Löfgren Tara Marf Kanyarat Srichada Redovisning av projektlaborationen.
Vad ska du äta och varför ?
Välkommen till Strands BK´s upptaktsträff :30 Startar vi med en process 10:45Grunder i spärrspel 12:00 SISU bjuder på lunch på Hot Chili 13:00Första.
Kognitiv sjukdom i klinisk vardag Onsdag B63/3Torsdag B63/3Fredag B63/ INFO och allmänt (O) Vaskulär kognitiv störning
Labmedicin Skåne i Ystad
CDT på Sebia Capillarys 2 Flex piercing
Klinisk kemi i praktiken
Projektlab Thomas Österberg Martin Hyvönen Kalle bunnfors Jonas Karlsson KB3civ.
Referat Riksstämman 2006 Erik Sandholm Klinisk andvändbarhet av PCR vid Mykoplasma Pneumoniae infektioner. Anna Nilsson, Per Björkman, Infektion, UMAS.
Biomedicinska analytikers roll inom patientnära verksamhet i Skåne Charlotte Wigermo Processledare PNA, provtagning, kund Leg. Biomedicinsk Analytiker.
Detektion och kvantifiering av HTLV-1 och -2 med Droplet Digital PCR Lorraine Eriksson, Biomedicinsk analytiker, Doktorand Laboratoriemedicinska Kliniken,
Sdfsajfdksadjflaskdfjsfd. Det var en gång …
Patientens Egen Provhantering.
Regiondagar Karlstad oktober 2016
Laboratoriemedicin Region Örebro Klinisk kemi Mikrobiologi
Polymerase Chain Reaction – PCR
Hematologisk forskning
Regiondagar Karlstad oktober 2016
Verksamhets- berättelse 2012 Sydöstra sjukvårds-regionen
Karolinska Universitetssjukhusets nya organisation
Biomedicinska analytiker-studenters upplevelser av VFU, VT 2018
Provpaket
NÄRA hemdiagnostik och framtidens diagnostik?
Presentationens avskrift:

K-RAS Mutationsanalys Molekylärpatologi Gastrointestinala sjukdomar 30 November 2010 Jenny Thureson Leg Biomedicinsk analytiker

Medicinsk diagnostik Laboratoriemedicin Klinisk radiologi Klinisk fysiologi Klinisk patologi Klinisk kemi Mikrobiologi Förvaltningen bildades 1 jan 2010 600 medarbetare De här 3 som arbetar med molekylära analyser Patologen: 2 st Kemi: 3 st Mikro: 15-20 st Vi gör Bcr-abl och K-RAS. Har gjort K-RAS i drygt 1 år. Analyserna har satts upp på klinikernas begäran. Det skiljer sig vilka lab som utför vilka analyser över landet. Vissa har genetikavd som utför analyserna. I Örebro ex är det molekylärpatologi som kör JAK-2

Sättrum Upp- arbetningsrum Mastermix- rum FoU-lab Sättrum Cell- odling Pre-PCR DNA Post-PCR Sättrum Upp- arbetningsrum Mastermix- rum FoU-lab Sättrum Cell- odling Kyl/ Frys Frys Kyl Schematisk bild hur molekylärlabbet är uppbyggt på plan 4. Viktigt hur man jobbar. Rosa renast – gul smutsigast med amplifierat material. Upp- arbetningsrum Instrumentrum Förråd RNA

Bakgrund

Bakgrund

Analys Provpreparering Extrahering av DNA (2 steg) Realtids-PCR Databearbetning/Resultat Kvalitativ bedömning av mutationsstatusen Vi gör analysen här i Jönköping eftersom klinikerna efterfrågade den Används för att mäta mängden av en DNA-sekvens i provet med hjälp av fluorescenta prober eller fluorescent infärgning. En särskild maskin för reglering av temperatur och avläsning av fluorescens behövs, vanligen i kombination med en dator.

Provpreparering Beställning Patolog märker ut tumörområde på kloss Klossen snittas Snitten läggs i eppendorfrör (3 x 10 µm) Beställning från onkologen med förslag på vilket PAD man vill ha analyserat. Det kan vara så att vi inte tycker att materialet är lämpligt Jobbar rent. Ny kniv, tvätt med DNAaway, tvätt av pincett mellan varje prov som snittas

Extrahering av DNA Avparaffinering över natt Extrahering DNA Kolonnbaserad metod Paraffin löses upp i xylen och tas bort. Lysering: (lysera= gå sönder) Provet lyseras under nedbrytande förhållanden mha enzymet Proteinase K. Värmebehandling: Inkubation i 90 grader för att ta bort korsbindningar av formalin (ta bort det sista av formalinet) Fortsätter extrahering plan 4. Tillsätter provet till en kolonn. I kolonnen finns ett membran som DNA binder till. Tvätt: Återstående av kontamineringar tvättas bort. Eluering: ren, koncentrerad DNA elueras/utvinns från membranet.

Koncentrationsbestämning DNA Nanodrop (ng/µL) Mäter koncentrationen på DNA mha absorbans

Realtids-PCR Beräkning av patient DNA koncentration till LightCycler 480 Real-Time PCR prov nr 63 65 66 67   vatten (µL) 45,9 44,7 28,9 47,2 - Volym pat DNA (µL) 4,1 5,3 21,1 2,8 tot volym (µL) 50 DNA till PCR (ng /µL) 8 Patient DNA konc (ng/ µL) 98 76 19 141 Lägger in värdet i exelfil för att se hur vi ska späda det koncentrerade DNA:t för att få rätt mängd in i PCR-reaktionen.

Tot volym Reaktionsmix Realtids-PCR Mastermixberedning Antal prov: (x + 2 *1,1) (x = antal patientprover + Mixad Standard + NTC) 6 Analys Huvudmixar Reaktionsmix (µL)x1 Taq (µL)x1 Tot volym Reaktionsmix Tot volym Taq K-RAS 19,8 0,2 130,7 1,32 Dags att göra mastermix. Kitet består av 7 mutationer, 1 pos kontroll, 1 intern kontroll, Taq polymerase (enzym)

Realtids-PCR Sättningsrum Sättningsschema Mastermix + kontroll + prov + NTC Sättning platta Optisk film Centrifugering Analys 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 A Kontroll Mix standard NTC B 12ALA C 12ASP D 12ARG E 12CYS F 12SER G 12VAL H 13ASP Speciellt sättningsrum. UV-bänk. Efter dagens slut sätter man igång UV-ljuset och det förstör DNA:t. Följer ett speciellt sättningsschema på plattan. Tillsätter mastermix, pos kontroll, prov och NTC (neg kontroll som alltid sätts först på plattan) Försluter plattan med optisk film (genomskinlig plast). Centrifugerar ner så att all lösning hamnar i botten av brunnen.

Realtids-PCR LightCycler 480 Ca 1 h 50 min Sätter in plattan i instrumentet och väljer önskat program i datorn.

Databearbetning/Resultat Efter 1h 50 min ser det ut ungefär så här. Uppgången på kurvorna visar att det finns mutationer.

Databearbetning/Resultat Ex Gly12Asp Mjukvara 12 Asp (GGT>GAT) 12 Ala (GGT>GCT) 12 Arg (GGT>CGT) 12 Cys (GGT>TGT) 12 Ser (GGT>AGT) 12 Val (GGT>GTT) 13 Asp (GGC>GAC) De 7 mutationerna är egentligen följande aminosyror som har ändrat sig. Till vår hjälp har vi en mjukvara som hjälper oss att räkna ut vilka mutationer som finns. Underlättar mycket då det sker en hel del korsreaktioner i just denna analys.

Databearbetning/Resultat Mha av mjukvaran får vi fram en PDF-fil som visar precis om körningen är godkänd, alla kontroller är ok och vilka mutationer som ev finns. Svarar sedan ut resultatet i vårt eget labdatasystem SafirLis.

Tack för mig! Så här ser en mer detaljerad bild ut över EGFR-signalering. Så om man är intresserad kan man lägga ner många timmar på just denna del