Nye analyseteknikker (DNA) för kontroll av mikroorganismer Charlotta Engdahl Axelsson Forsknings- och utvecklingschef mikrobiologi  Lantmännen Analycen AB

Varumärken

Analycens lab Laboratorier Finland: Tampere Norge: Moss Danmark: Frederica Polen: Warszawa Sverige: Lidköping, Kristianstad, Örebro, Skara, Uppsala

DNA analys -ny teknik In vitro DNA amplifiering (PCR) 1983

Brett användningsområde (Analycen idag) Patogena mikroorganismer (näringsmedel, vatten, växter) Allergena födoämnen Djurslagsbestämning GMO

Patogena mikroorganismer Salmonella Shigella Campylobacter EHEC Växtpatogena svampar m.fl.

DNA Arvsmassa DNA/RNA DNA baser (nukleotider) DNA bibliotek

Två syften A) Detektion av mikroorganismer, arter, gener B) Individidentifiering, smittspårning

PCR Uppförökning av DNA Avgränsas av s.k. primers (måste vara specifika) Probe som kontroll av specificitet och för detektion

PCR -fördelar Relevanta egenskaper mäts Svårodlade mikroorganismer detekteras Snabbheten Specificiteten Objektiv

PCR – att tänka på Inte alltid kompatibel med traditionell analys Döda/levande bakterier Hög detektionsnivå > 1000 bakterier/ml Provupparbetning

Lagstiftning/standardisering DNA ok för livsmedelskontroll (gäller validerade metoder enl ISO 16140) Standarder för EHEC och virus på gång (Norovirus och Heptit A) Samarbete livsmedel-vatten standardisering EHEC, Salmonella aktuellt för vatten EU ref lab för parasiter (Cryptosporidium, Giardia)

Smitta på förskola i Sundbyberg Publicerad 15 aug 2007 13:53 Smitta på förskola i Sundbyberg Sundbyberg. Ett barn har smittats och ytterligare 12 barn och en ur personalen har visat tecken på att ha smittats av en infektion på en förskola i Sundbyberg. - Vi har konstaterat att ett barn har fått en cryptosporidiuminfektion, som är en parasit, säger Ingegerd Hökeberg, biträdande smittskyddsläkare vid smittskyddsenheten i Stockholms läns landsting                                                                                                          En utskrift från Dagens Nyheters nätupplaga, DN.se.

Erfarenheter av Legionella analyser

Protocol Filtration of 1L water Lysis of Bacteria, extraction and DNA purification Real-time PCR detection and/ or quantification Screening : specific sequences detection / controls Quantification : specific sequences detection / Standards 5 h to result Legionella spp L. pneumophila

Erfarenheter PCR och Legionella PCR bra för detektion Korrelation med PCR –odling dålig Gränser baseras på odling

Framtid Fortsatt utveckling av DNA tekniken Odling och isolering fortsatt viktigt DNA standarder för vattenburna patogener

TACK!