OLIKA TYPER AV GENOM Biomedicinska analytikerprogrammet, T3 Ht-11 Karolinska Institutet Annica Nordvall Bodell.

En presentation över ämnet: "OLIKA TYPER AV GENOM Biomedicinska analytikerprogrammet, T3 Ht-11 Karolinska Institutet Annica Nordvall Bodell."— Presentationens avskrift:

1 OLIKA TYPER AV GENOM Biomedicinska analytikerprogrammet, T3 Ht-11 Karolinska Institutet Annica Nordvall Bodell

2 Kunskapsmål för detta avsnitt
Från kursplan: beskriva och jämföra uppbyggnad, struktur och innehåll i eukaryota och prokaryota genom samt utförligt förklara principerna för genexpression och dess reglering.

3 Lite mer utförligt: Hur eukaryota (ffa humana genomet) och prokaryota genom är organiserade Storlek, packning, genantal Andel genomen som är gener respektive kodande Vilka typer av sekvenser som ingår i genomen Mitokondriegenomets organisation Extrakromosomalt DNA i prokaryoter, organisation och funktion Kunna ge exempel på hur virusgenom kan se ut

4 Skillnader och likheter i genom?
Makrofag som angriper E. coli bakterier HIV infekterad cell newswire.rockefeller.edu/upload/media/021607b library.thinkquest.org/3564/cell751.gif

5 Eukaryoter, prokaryoter, virus

6 Storlek på olika genom Virus (3x103-8x105 bp) The Cell 5.1

7

8 Eukaryoter - kärn-genomet
Diploida Minst två linjära kromosomer 10 Mb Mb Stora genom har stor andel repetitiva sekvenser

9 Kromatin i kärnan The Cell 5.14

10 Packning i eukaryoter Videolänk

11 Nukleosomstruktur The Cell 5.13

12

13 Metafaskromosomer The Cell 5.17

14 Metafas-kromosomer –

15 Telomerstruktur

16 Humana karyotypen The Cell fig 5.29

17 Innehåll i det humana genomet
Videolänk – Kromosom 11

18 Olika typer av gener Man kan skilja på gener som ger upphov till funktionellt RNA (RNA gener) och gener som ger upphov till proteiner Det finns ett begränsat antal olika RNA gener, men de finns i många kopior Det finns ca olika proteinkodande gener i humana genomet, men de finns oftast endast i en upplaga Storleken på gener varierar mellan 60 bp till 2400 kb Antal uttryckta gener i somatiska celler från högre eukaryoter uppskattas till

19 Genfamiljer Besläktade proteinkodande gener http://
Identiska rRNA gener nitro.biosci.arizona.edu/courses/EEB600A-2003/lectures/lecture25/figs/Fig14_10.gif

20 Gemensamma gener Schimpans-genomet och det humana genomet är till mer än 98% lika Genomes 2

21 Repetitivt DNA En stor andel av genomet i högre eukaryoter består av olika typer av repetitivt DNA Kan delas in i Samlade repetitiva sekvenser (satellit DNA) ofta korta sekvenser som upprepas efter varandra i stort antal innehåller ej gener Spridda repetitiva sekvenser längre sekvenser som ligger spridda inom och mellan kromosomer vissa innehåller gener, många dock icke funktionella vissa kan förflytta sig genom transposition (=transposoner)

22 Satellite DNA

23 Retrotransposoner Genomes 2 (The Cell 5.8)

24 DNA transposoner Genomes 2

25 Exempel på repetitiva sekvenser

26 Repetitiva sekvenser kan användas för ”DNA fingerprinting”

27 Mitokondriegenomet Human Molecular Genetics

28 Prokaryota genom Ofta en cirkulär kromosom (finns bakterier med flera cirkulära kromosomer resp. linjära kromosomer) 0,6-30 Mb 80-90% kodande Inga introner Många gener i operon Oftast få repetitiva sekvenser

29 Karta E.coli kromosomen
expand 4,300,000 bp region Karta E.coli kromosomen BacMap: Bacterial Genome Atlas

30 Packning i prokaryoter
Genomes 2

31 Supercoiled struktur Genomes 2

32 Extrakromosomalt DNA hos prokaryoter
Genomes 2

33 Virusgenom Består av antingen DNA eller RNA
Mycket tätt packat i kapsiden Sekvensen utnyttjas ofta mycket effektivt (tex överlappande gener) Genorganisation och funktion ofta anpassade till värdcellen

34 Virusgenom

35 Ex virusgenom library.thinkquest.org/. ../images/virus.jpg Plant virus
news.bbc.co.uk/.../ images/_891580_aids plantvir2-2.gif

36 HIV genomet ex på genorganisation