DINA och IRIS Fredrik Ronquist.

En presentation över ämnet: "DINA och IRIS Fredrik Ronquist."— Presentationens avskrift:

1 DINA och IRIS Fredrik Ronquist

2 Enheten för biodiversitetsinformatik
Ny enhet vid Naturhistoriska riksmuseet från Samla arbetet inom biodiversitetsinformatik och mångfaldsanalys Svenska GBIF-noden LifeWatch Delar av Synthesys II (BioCASE) Gemensamt databassystem för samlingshan-tering på NRM och nationellt (DINA och IRIS) Effektivare metoder för digitalisering Informatik kring DNA-barkodning Fylogenetisk analys Forskning inom dessa områden

3 Personal Fredrik Ronquist, enhetschef
Marie Svensson, administratör (deltid) Torsten Eriksson, chefutvecklare för IRIS och DINA, DNA-barkodning (externfinansierad) Maxim Teslenko: programmerare, fylogenetiska metoder (VR-finansierad) DINA-projektet (sökt) två programmerare och en biolog med placering på NRM Svenska GBIF-noden FishBase kvar på VE under ledning av Kullander

4 IRIS (Informationssystem för RIksmuseets Samlingar)
DINA (Nationellt system för DIgitalisering av NAturhistoriska samlingsdata) Fortsatt samarbete mellan Göteborgs naturhistoriska museum, Herbarium Göteborg, Evolutionsmuseet i Uppsala och Naturhistoriska riksmuseet System med öppen källkod utvecklas i nationellt och internationellt samarbete Huvudsakligen extern finansiering (Artdatabanken) IRIS (Informationssystem för RIksmuseets Samlingar) Arbetet med att genomföra ett samlat system på Naturhistoriska riksmuseet Riksmuseets del i DINA Huvudsakligen intern finansiering

5 Bakgrund Artdatabankens utlysning av medel för att ta fram ett nationellt samlingshanterings-system, medel från Kulturrådet DINA-gruppens arbete Rekommendationen att satsa på KE-Emu; tveksamhet över detta NRM beslut om ett gemensamt samlings-hanteringssystem 8 mars 2009

6 Arbetet med IRIS på NRM Leds av Torsten Eriksson och Fredrik Ronquist
Styrgrupp bestående av förstärkt chefskol-legium på Forskningsavdelningen Teknisk referensgrupp bestående av Lars Höglund (IT), Mickaël Graf (svenska GBIF-noden), representant från KTH Arbetsgrupp bestående av databasan-svariga på respektive enhet

7 Beslut  Naturhistoriska riksmuseet ska senast 2013 ha infört ett samlat datasystem för registrering, hantering och digital publikation av de naturhistoriska samlingar för vilka museet har ansvar. Arbetet med att definiera och implementera samlingshanteringssystemet, ska ske efter samverkan med övriga naturhistoriska museer i landet. Inom Naturhistoriska riksmuseet har forskningsavdelningen ansvar för att föreslå hur det fortsatta arbetet ska genomföras, begrepp definieras, fältstruktur m m standardiseras samt samverkan säkerställas.

8 IRIS genomförande Öppen källkod
Vi utvecklar själva i samarbete med etablerade projekt (till exempel Specify, Morphbank, Pluto-F/Unite Estland) Samlingshantering – inte bara observationsdata Vi söker ett nordiskt – baltiskt utvecklingsamarbete där DINA är en viktig del Standardiseringsarbetet fortsätter (datamodeller och gränssnitt för föremålsdata, lån etc; utgår från ENSE) Samma tekniska baksida för alla enheters databassystem (SQL-databas, antagligen MySQL) Klienterna samma som förut i övergångsskedet om så önskas och det är tekniskt möjligt

9 IRIS genomförande (forts.)
Enheterna behåller kontrollen över klienterna om de vill men krav införs på gemensamma standardiserade tabeller, tekniskt gränssnitt Framtida klienter: JAVA (tjock klient) och/eller PHP/Ruby on Rails (tunn klient) – utvecklas centralt och lokalt Genomförs stegvis: zoologi, botanik, paleontologi, geologi, MSL – alternativt baserat på intresse Databasansvariga på enheterna viktiga framför allt vid migreringen och anpassningen till det nya systemet Data pockas ur den gemensamma SQL-databasen för olika ändamål (resultatuppföljning, uppföljning av bevarandearbetet, GBIF-noden, K-samsök, museets presentation för allmänheten, länk till Artportalen) Klart till 2013 – men beroende på extern och intern finansiering mm

10 FileMaker Access NRM Klient Databas GBIF-SE GBIF Databas (SQL) Web Services Paradox

11 Specify Access FileMaker NRM SQL-databaser med vissa gemensamma tabeller K-Samsök GBIF Fjärrklienter (t ex amatörer) Webb-klienter

12 Bildlagring NRM installerade Morphbank sept. 2009, testning och driftsättning i år Morphbank: likt Genbank men för föremålsbilder, distribuerat nätverk av bilddatabaser NRM försöker skapa ett nordiskt-baltiskt konsortium av Morphbank-speglar för effektiv och billig lagring av biologiska bilder Motsvarande lösningar för geologiska bilder kommer att undersökas

13 DINA DINA drivs av Evolutionsmuseet i Uppsala, Göteborgs herbarium, Göteborgs naturhistoriska museum och Naturhistoriska riksmuseet Ansökan till Artdatabanken om två programmerare och en biolog med central placering (motsvarar nuvarande DINA + LBDP) Styrgrupp med en röst för varje deltagande institution (fyra röster totalt) Om en institution lämnar samarbetet tillfaller resurserna övriga institutioner Första beslut om teknikplattform för DINA fattas 24 november i Göteborg Fri tillgång till information om arbetet, tillgång till minnesanteckningar och andra dokument som produceras på DINA-projektets webb-plats (

14 Standardisering Bygger på tidigare insatser: ENSE, DINA
Följer internationella och nationella standarder: Darwin Core, ABCD+EFG, Common Data Model (EDIT), K-samsök, INSPIRE etc Kan inbegripa förslag till utvidgade internationella standarder Öppet arbete: alla kan följa med, alla kan bidra ( Nya standarder eller rekommendationer (best practices) fattas av DINA-gruppen

15 Klienter: DINA-enheter, amatörer
NRM, Sthlm GNM, Gbg

16 Klienterna homogeniseras teknikmässigt
NRM, Sthlm GNM, Gbg

17 På gång Kevin Holston och EN på NRM utvärderar Specify 6.0 och Morphbank Torsten Eriksson studerar och utvärderar datamodeller och system på NRM, nationellt och internationellt Slutet av september: Möten med Specify och Morphbank om ev. framtida samarbete Oktober: Möte med informatikgruppen i Tartu om ev. framtida samarbete 8 november: Utvärderingsrapport distribueras 15 november: IRIS styrgrupp på NRM rekommenderar tekniska grundspecifikationer för IRIS och DINA 24 november: DINA-styrgruppen fattar beslut om tekniska grundspecifikationer för DINA

18 Sammanfattning DINA: Gemensamt nationellt samlingshan-teringssystem, till stor del externfinansierat Samarbete mellan Evolutionsmuseet i Uppsala, Göteborgs naturhistoriska museum, Göteborgs herbarium och Naturhistoriska riksmuseet IRIS: Naturhistoriska riksmuseets eget arbete med gemensamt samlingshanteringssystem, NRMs bidrag till DINA, huvudsakligen internfinansierat Öppen källkod, utvecklas i samarbete med andra projektgrupper Vi vill behålla det lokala initiativet och inflytandet så långt det går men behöver enas om gemensam teknikplattform