Presentation laddar. Vänta.

Presentation laddar. Vänta.

DINA-projektet Fredrik Ronquist Enheten för bioinformatik och genetik.

Liknande presentationer


En presentation över ämnet: "DINA-projektet Fredrik Ronquist Enheten för bioinformatik och genetik."— Presentationens avskrift:

1 DINA-projektet Fredrik Ronquist Enheten för bioinformatik och genetik

2 Enheten för bioinformatik och genetik (BIO) Enhetsledning DNA-labbet Biodiversitets- informatik Forskning Fredrik Ronquist (KÖL o Cosmonova) Pia Eldenäs (KÖL) Jane Parker (KÖL) Karin KarlssonMartin IrestedtLove Dalén Cosmonova-flygeln plan 6 KÖL plan 2, plan 3

3 IRIS (Informationssystem för RIksmuseets Samlingar) •Införandet av DINA på Naturhistoriska riksmuseet •Naturhistoriska riksmuseets bidrag till DINA •Huvudsakligen anslagsfinansierat DINA (Digitalt Informationssystem för NAturhistoriska samlingsdata) • Samarbete mellan Naturhistoriska riksmuseet (NRM), Göteborgs naturhistoriska museum (GNM), Herbarium GB (GB), Evolutionsmuseet i Uppsala (EMU) och Zoologiska museet i Lund • Utveckla och implementera ett nationellt samlingshanteringssystem i internationellt samarbete • Huvudsakligen externa medel (Artdatabanken)

4 DINA (Digitalt informationssystem för naturhistoriska data)  Web-baserat system för samlingshantering  Bygger på öppen källkod  Utvecklas av NRM i samarbete med internationella partners  Utvecklingen utgår ifrån Specify och Morphbank  Nationellt system i SE, EE, DK  Lokalt system vid Canadian Museum of Nature (Ottawa), Museum für Naturkunde (Berlin)  Förslag till konsortieavtal cirkuleras för närvarande bland partners  Två systemversioner:  ”DINA light”: Specify version 6 + Morphbank, inga NRM-resurser läggs på utvecklingen av denna version  DINA Web: Helt web-baserat system, utvecklas till stor del av NRM men i samarbete med ett flertal internationella partners

5 DINA - kom ihåg...  Vi har valt att utgå från Specify och Morphbank för att dessa system är de bästa startpunkterna för utvecklingen av DINA Web – inte för att vi tycker att de är fulländade system  Vi har valt öppen källkod och utveckling i internationell samverkan för flexibilitet, kostnadseffektivitet och långsiktig stabilitet - inte för att det nödvändigtvis är det snabbaste sättet att implementera ett nationellt samlingshanteringssystem  Java-programmet (”tjocka klienten”) som används i ”DINA Light” bygger på gammal teknik och kommer att fasas ut över tid. Anledningen att vi inte vill modifiera Java-programmet är att vi måste fokusera våra resurser på att utveckla DINA Web - inte för att det skulle vara omöjligt.

6 DINA-DK utvecklingsteam Museum für Naturkunde, Berlin DINA organisation NRM FA styrgrupp Arbetsgrupp FA datasbasansvariga DINA-SE utvecklingsteam DINA-SE styrgrupp Museum of Nature Ottawa, Canada Specify team Kansas, USA Natural History Museum, Tartu DINA International Council Sverige

7 Karin Karlsson (50 %)Kevin Holston Markus Englund (80 %)Ida Li DINA-SE utvecklingsteam Markus Skyttner Ingimar Erlingsson

8 Specify 6 Morphbank Två vägar in i DINA Nuvarande system DINA Web Anpassning av datamodeller och datatvätt Anpassning av gränssnitt och funktionalitet Datamigrering Anpassning, datatvätt och datamigrering Mindre anpassning ”DINA Light”

9 web-gränssnitt ”tjock klient” Ansluter innanför brandväggen eller via krypterad SSH-tunnel Morphbank web-klient Morphbank databas Specify databas Specify 6 Java-program Morphbank bildarkiv centrala databaser och filarkiv

10 DINA Web Specify 6 Java- program Specify databas Mediafiler metadataba s MediafilerBLAST DBTaxon info Inventerings -klienten Samlings- hanteraren DINA web- portal Svenska DNA- nyckeln Naturforskare n web-gränsnitt Java-program

11 DINA Web, klienter  Samlingshanteraren (”Specify Web”; demo-version finns, beta släpps våren 2014)  Komplett system för professionell hantering av samlingar (föremål, lån, bilder etc)  Avsedd för samlingspersonal och forskare  Gränssnittet liknar det i Specify 6 Java-programmet, särskilt i de delar som utvecklas av Kansas; de delar som utvecklas av NRM kommer att vara DINA-anpassade från början  Inventeringsklienten (”SMTP-klienten”; släpptes i dec. 2012)  För forskare och samlingspersonal som sysslar med stora inventeringsprojekt  Stora mängder material sorteras och bestäms kontinuerligt  Behov av snabb digitalisering av stora mängder föremål  Exempel: Markfaunainventeringen, Svenska Malaisefälleprojektet (”SMTP”)  Naturarv.se (DINA web-portal; smygsläpptes i maj 2013)http://naturarv.se  Gemensam sökportal för DINA  Avsedd för allmänhet och forskare utanför DINA men också användbar för DINA-personal för att få översikt, söka material, finna fel mm  Stöd för felrapportering till ansvarig samlingspersonal  Stöd för bilder, låneförfrågningar kommer i senare versioner

12

13

14 DINA Web, klienter forts.  Svenska DNA-nyckeln (släpps 21 jan. 2014)  FORMAS-finansierat projekt; kopplingar till Centrum för Genetisk Identifiering  Tillåter artbestämning baserat på gensekvenser mot svenska och internationella referensdatabaser (BOLD, GenBank)  För svenska referensdatabasen kopplar den till voucher-information i DINA (kartor, bilder, samlingsdata mm)  Kopplar till artinformation i Naturforskaren.se  Naturforskaren.se (släpptes i nov. 2012; ny version i nov. 2013)  EU-finansierat projekt (Central Baltic Interreg); samarbete med Finland och Estland  Samlar populärvetenskaplig information om (nordisk-baltiska) arter  Skördar information från och länkar till många andra system  Taxonomimodulen som utvecklas i Estland kommer också att användas inom DINA Web

15 e

16 Migrering till ”DINA Light” Föremål Lån Bilder Entomologi NRM Entomologi GNM Föremål Paleozoologi NRM Lån Föremål Paleobotanik NRM Mineralogi NRM Föremål Lån Geologi GNM Föremål Geologi Paleontologi EMU Lån Föremål Lån

17 Utveckling av DINA Web JPA-lager, REST-tjänster (NRM, Kansas) Samlingshanteraren (”Specify Web”) Inventeringsklienten (SMTP-klienten)Sorteringshantering, v. 1 Naturarv.se, version 1 DINA Web-portal (Naturarv.se) Naturarv.se, version 2 DINA-flöde till GBIF 2016 Specify Web Milestone 1 (Kansas) Specify Web Milestone 2 (Kansas, NRM, Tartu) Hantering av mediafiler (NRM) Extern taxonomihantering (Tartu) Sorteringshantering, v. 2 Föremålshantering, v. 1 Övrigt utvecklingsarbete Naturforskaren version 1 Naturforskaren version 2 Svenska DNA-nyckeln

18 Migrering till DINA Web SMTP Sorteringsfraktioner 2016 Artobservationer Föremålsdata Botanik NRM, EMU, GB Datatvätt, förberedelser för migrering Anpassning av gränssnitt o funktionalitet Migrering

19 Saknas i tidsplaneringen  Zoologiska museet vid Lunds universitet  Zoologiska samlingar vid GNM utom entomologi  Botaniska samlingar i Lund och Umeå  Vid NRM:  Vissa zoologiska samlingar (evertebratzoologi, vertebratzoologi förutom barkodsdata)  MFÖ (ringmärkningscentralen, miljöprovbanken, ev. pollendata)  DNA-labbets prover, extrakt mm  Gränssnitt för resultatrapportering  Hantering av ABS-dokument  Funktioner för skadedjurskontroll och för kvalitetsmått gällande samlingarnas bevarande

20 Nyfiken på DINA-arbetet?  Kontakta DINA-gruppen på NRM (t ex Karin Karlsson)  DINA projekt-wiki (http://dina-project.net):http://dina-project.net  Info om DINA-projektet i Sverige och utomlands  Protokoll från alla styrgruppsmöten  Länk till filmer som visar Inventeringsklienten och Specify 6 (Java- programmet)  Specify Web demo:  Naturarv:  Naturforskaren:  Specify workshop på NRM oktober:  oktober för användare av Specify 6 (”Dina Light”)  18 oktober för allmänt nyfikna

21

22 Massdigitalisering  Vi har ca 25 M föremål i svenska naturhistoriska samlingar som ännu ej är digitaliserade  Huvuddelen är botaniska samlingar (herbarieark) och insekter (torrsamlingar av nålade djur)  I nuvarande takt tar det hundratals år innan allt är digitaliserat  Kostnaden för traditionell digitalisering är stor (ca 50 kr/föremål för traditionell inknappning utan avbildning -> ca M kr)  Internationellt pågår flera projekt där nya tekniker används för att få ner kostnaden  avfotografering i industriell skala  OCR-läsning av etiketter, artificiell intelligens för tolkning  ”crowd-sourcing” av tolkningen av etiketter  GBIF försöker påskynda digitaliseringen genom att:  Arrangera symposium tillsammans med Digisam om massdigitalisering av naturhistoriska samlingar (9 januari på NRM)  Bedriva småskaliga pilotprojekt  Förbereda ansökan till VR om massdigitalisering; lobbying mot regeringen  Mer info: Anders Telenius, Stefan Daume


Ladda ner ppt "DINA-projektet Fredrik Ronquist Enheten för bioinformatik och genetik."

Liknande presentationer


Google-annonser