Presentation laddar. Vänta.

Presentation laddar. Vänta.

Genomisk selektion för köttraser -möjligheter och begränsningar •November 2010 •Hans Stålhammar •VikingGenetics.

Liknande presentationer


En presentation över ämnet: "Genomisk selektion för köttraser -möjligheter och begränsningar •November 2010 •Hans Stålhammar •VikingGenetics."— Presentationens avskrift:

1 Genomisk selektion för köttraser -möjligheter och begränsningar •November 2010 •Hans Stålhammar •VikingGenetics

2 •Erfarenheter av genomisk selektion från mjölkraserna

3 Livets kod Genomet består av cirka 3 miljarder baspar

4 Genomisk selektion, principskiss tjurar SNP markörer och med avelsvärden Unga kandidater SNP markörer utan avelsvärden Genomisk modell -Värde för var och en av markörerna Genomiska avelsvärden för kandidaterna

5 Hur långt har vi kommit? Alla ungtjurar är selekterade på genomiska resultat! •Januari 2008 •50K SNP-set från Illuminia friges för kommersiell användning •Augusti 2008 •Alla Viking Holstein-ungtjurar genomiskt testade •Sommar 2009 •Jersey och SRB/RDM använder genomisk selektion

6 Validering för att beräkna säkerhet Training Test Prediction  Genotyper ×  Genomic BVs  Fenotyper Marköreffekter Genotyper Fenotyper

7 Training Test Prediction Training Test Prediction Training Test Prediction Training Test Prediction Training Test Prediction “Nordisk” valideringsmetod

8 •“n << p” problem •Tusentals observationer, tiotusentals SNP-ar •Hur bra är skattningen? •Viktigt med validering Statistisk utmaning

9 Säkerheter på skattade avelsvärden för Holsteintjur EgenskapHärstamningDGVBrukstjur Tid-Födelse5 år Mjölk38 %55 %90 % Fruktsamhet22 %56 %60 % Juverhälsa25 %50 %70 % D Banker dotter från I/S Rønhave

10 Osäkerhet i skattade avelsvärden För ett avelsvärde med 45 % säkerhet kommer 63 % av djuren ha ett ”sant” avelsvärde som ligger mellan -5 och +5.

11 Antalet har betydelse! Source: Goddard (2009)

12 Within-year R 2 between EBV and DGV for: all bulls in the test data (Bull All), bulls with sire in reference(Bull Sire) and bulls without sire in reference (Bull Nosire). – Combined RDC Trait Bull All Bull Sire (n=1786) Bull Nosire (n=1949) Trait Bull All Bull Sire Bull Nosire Milk Calving – direct Fat Calving - mat Protein Body Yield Feet and Legs Udderhealth Udder conf Fertility Milking ability Other dis Temperament Longevity NTM Average

13

14 Genomisk selektion- kombinerade index •EBV = Estimated Breeding Value, traditionella avelsvärden •DGV = Direct Genetic Value, ”genomiska” avelsvärden •GEBV = Genomic Enhance Breeding Value = EBV + DGV

15 Genomic selection – blended index Det sanna avelsvärdet Härstamnings- index = EBV Direct Genomic Value

16 Genomic selection – blended indexes Det sanna avelsvärdet Härstamningsindex = EBV Direct Genomic Value

17 Från kalv till ungtjur – Holstein/SRB Alla födda kalvar screenas väljs ut på NTM, och testas genomiskt 300 köps in baserat på GAV-resultat 200 sätts in som ungtjurar ( doser) används som GenVikPLUS- tjurar

18 •Två egenskaper: avkastning och hälsa Balanced Breeding

19 19 Genetiskt framsteg – r 2 =0.4 Relative genetic level Year Turbo Pre-selection Control

20 Traditionell BLUP Genomisk avelsvärdering Avelsvärde för ett nyfött djur FarMor Mendelian sampling FarMor Mendelian sampling

21 •Från urval mellan familjer till urval inom familjer Traditionell BLUP Genomisk avelsvärdering Inavel och genomisk selektion Helsyskon -grupp 1 Helsyskon -grupp 2 Helsyskon -grupp 1 Helsyskon -grupp 2

22 Minskad inavel ?! (r 2 =0.4) Inavel 0% 1% 2% 3% 4% 5% 6% 7% 0123 Generation Control Pre-selection Turbo

23 •Möjligheter för köttraser med Genomisk Selektion •Behöver vi en referens population bestående av tusentals genotypade tjurar med hög säkerhet på skattade avelsvärden? •En referenspopulation per ras? •Har vi speciella uppfödningsformer, samspel arv och miljö?

24 Markörbaserad selektion/ marknadsföring •Det har under flera år funnits kommersiella markörbaserade tester för köttraser. •Stora på denna marknad är Igenity och Pfizer. •Testerna har grundat sig på ett mindre antal markörer (3- 65) och resultaten är framtagna för framförallt nordamerikanska och australiensiska förhållanden, djurmaterial och uppfödningsformer. •Egenskaper som markörbaserade avelsvärden har beräknats för bland andra: tjockleken på underhudsfettet, marmorering, klassning, ryggmuskelyta, daglig tillväxt, kvigfruktsamhet, överlevnad, kalvningar och temperament.

25 Markörbaserad selektion/ oberoende utvärdering •Utvärdering skall ske på ett annat djurmaterial än det som ingår i den första beräkningen. •US National Beef Cattle Evaluation Consortium (NBCEC) är ett exempel på en organisation som har genomfört oberoende utvärderingar av markörset. •Använder nya referenspopulationer •Beräknar regressionskoefficienter för testen, resultat när 1 är bäst •Beräknar signifikans för testen, P< 0,05 •Resultaten kan ibland vara svåra att tolka och signifikanta skillnader behöver inte alltid innebära att vi kan få en ”praktisk” användning av resultaten.

26 1) Hur lika är vår nötkreatursraser? Angus, Röd Angus, Hereford, Charolais och Limousin

27 3) Hur lika är våra nötkreatursraser? Angus Hereford Charolais och Limousin

28 Antal markörer i testpanelen Antal markörerAvstånd i basparAnvändning Inom familj, major gene Inom ras (-grupp) Mellan raser Genen baspar 1Hur stor del av variationen förklarar genen

29 2) Hur lika är vårta nötkreatursraser? SNP bedömning inom ras SNP gemensam referens population?

30 Genomisk selektion, köttraser •De stora företagen som tidigare har varit aktiva inom markörbaserade tester bygger nu upp referens- populationer som är typade med markörer. •Återigen består materialet av djur från Nordamerika och Australien. •American Angus Association och Igenity har ett samarbete med genomiskt ”förstärkta” avelsvärden för: fettjocklek, marmorering, klassning, ryggmuskelyta, daglig tillväxt, kvigfruktsamhet, överlevnad, kalvningar och temperament. •Sammanvägning av avelsvärden och markörinformation till ett avelsvärde.

31 •Möjligheter för köttraser med Genomisk Selektion •Behöver vi en referenspopulation bestående av tusentals genotypade tjurar med hög säkerhet på skattade avelsvärden? Ja, vi behöver en stor referenspopulation. Ju högre säkerhet som de DNA-typade djuren har ju bättre. Därför är tjurar bättre än kor och semintjurar bättre än gårdstjurar. Kan vi samarbete med andra länder för att skapa en referenspopulationen? Fenotyper via Inter Beef? Regelbundna uppdateringar av genomiska resultat för redan DNA-typade djur.

32 •Möjligheter för köttraser med Genomisk Selektion •En referenspopulation per ras? •Om vi använder en testpanel med markörer kan vi bara arbete inom ras (-grupp). Hereford och Angus är egna grupper. Kanske kan Charolais och Limousin hanteras tillsammans? Hur gör vi med de andra raserna? •Provtagning: blodprov på djur i fält och semindos för AI- tjurar. (Lagra blodprov för senare analyser?)

33 •Möjligheter för köttraser med Genomisk Selektion •Har vi speciella uppfödningsformer samt samspel arv och miljö? •När man använder utländska kommersiella DNA-paneler får man även svar i utländska resultat, dvs klassificering, marmorering och mörhet på t. ex. en USA skala. Hur väl detta stämmer med svensk förhållanden vet vi inte? •För att hålla nere kostnaden i fält kommer antagligen inte kommersiella prov analyseras med markörer. Analyserna förväntas trots detta att få en hög säkerhet under utländska förhållanden.

34


Ladda ner ppt "Genomisk selektion för köttraser -möjligheter och begränsningar •November 2010 •Hans Stålhammar •VikingGenetics."

Liknande presentationer


Google-annonser